En esta tercera temporada acompañaremos de nuevo a John Reese (Jim Caviezel) y Finch (Emerson) en su desesperado intento de impedir que personas inocentes salgan heridas, con la ayuda de La Máquina. Se trata de un prodigio informático creado por Finch y que el Gobierno utiliza para evitar atentados terroristas, desechando alertas que afectan a personas de la calle.

La Máquina, sintiéndose perseguida, se ha movido a un lugar secreto en un sorprendente acto de autoprotección. Aunque mantiene la comunicación con Reese y Finch, también se comunica con Root, una peligrosa cibercriminal fascinada por La Máquina.